La Zona Cultural o de transición, con una zona andina y otra amazónica, sobre tierras privadas, de comunidades nativas y algunas del Estado, con una superficie mayor de 1 200 Km2, en el Bajo Manu, es un área donde se ubican algunos asentamientos humanos de colonos provenientes principalmente de la sierra del país.

Está conformado por zonas de montañas, bosque de nubes y ceja de selva. Sus pobladores realizan actividades productivas como la agricultura y la tala en menor escala, ya que el Ministerio de Agricultura y las autoridades del Parque son responsables de ejercer control y supervisión sobre estas actividades.

Uno de los propósitos de esta zona controlada es la de actuar como defensa de las zonas reservadas y protegidas.