La zona tampón o de amortiguamiento, denominada Zona Reservada del Manu, legalmente establecida, también de propiedad del Estado, con una superficie de 2570 Km2.

Fue creada con el fin de permitir el acceso del público a esta zona específica a través de actividades turísticas que ayudan a mantener el resto del Parque lejos de actividades que puedan alterar sus delicados ecosistemas.

Se extiende a lo largo del río Manu y comprende un vasto territorio de Selva Primaria. Debido a que el río es la única alternativa de acceso es relativamente fácil controlarla y protegerla de visitantes no autorizados o cazadores furtivos. Allí se realizan igualmente actividades de investigación pues los científicos la consideran un laboratorio viviente debido a la mega diversidad de su flora y fauna.